Facultatea de Ştiinţe ale Naturii – una dintre cele mai vechi facultăţi din universitatea constănţeană - îşi începe activitatea în anul 1961, odata cu înfiinţarea Institutului Pedagogic Constanţa. Structurată iniţial pe profil biologic şi agricol, Facultatea de Stiinţe Naturale şi Agricole (cum se numea atunci) a asigurat pentru aproape două decenii cadrele didactice din învăţământul gimnazial şi liceal din toată Dobrogea. În anul 1971, este înfiinţată o secţie de Educaţie Fizică, iar din 1964 funcţionează o secţie mixtă de Istorie – Geografie.

În decursul semestrului I al anului universitar 2009/2010, Universitatea "Ovidius" Constanța a parcurs etapa finală a procesului de evaluare academică primind vizita echipei de evaluatori ai Agenției Române de Asigurare a Calității în Învățământul Superior (ARACIS).