Facultatea de Ştiinţe ale Naturii – una dintre cele mai vechi facultăţi din universitatea constănţeană - îşi începe activitatea în anul 1961, odata cu înfiinţarea Institutului Pedagogic Constanţa. Structurată iniţial pe profil biologic şi agricol, Facultatea de Stiinţe Naturale şi Agricole (cum se numea atunci) a asigurat pentru aproape două decenii cadrele didactice din învăţământul gimnazial şi liceal din toată Dobrogea. În anul 1971, este înfiinţată o secţie de Educaţie Fizică, iar din 1964 funcţionează o secţie mixtă de Istorie – Geografie.

Din primăvara anului 1990, la data de înfiinţare a Universităţii “Ovidius”, Facultatea de Stiinţe avea în componenţă specializările de Biologie, Educație Fizică şi Sport, Fizică-Chimie, Matematică-Fizică, Relații Economice Internaționale şi Turism-Servicii. În vara aceluiași an, este înființată specializarea de Ecologie şi Protecția Mediului. Ulterior, în cadrul facultăţii se înființează şi alte specializări: Agricultură – în 1992, Chimie - din 1997, Fizică – din 1998, Geografie – în 1999, Horticultură – din 2002. În urma restructurării interne, din cadrul facultăţii se desprind secţiile cu profil economic şi matematic care sunt organizate ca facultăţi separate; din anul 1999, specializările de Chimie, Fizică şi Fizica-Chimie formează o facultate separată iar din 2002 se structurează ca facultate distinctă şi specializarea de Educaţie Fizică şi Sport.

În prezent în cadrul facultății, denumită Facultatea de Știinte ale Naturii și Știnte Agricole, funcționează șapte specializări (programe de studii):

• Biologie
• Ecologie şi Protecția mediului
• Știința mediului
  
• Geografie
• Geografia turismului
• Agricultură
• Horticultură

Procesul de învăţământ este organizat modular, pe sistemul de credite transferabile, aplicat în facultate începând cu anul universitar 1995/1996. Programele analitice ale specializărilor asigură o pregătire în conformitate cu cerinţele actuale ale pieţii forţei de muncă. Corpul profesoral al facultăţii este format din cadre didactice cu un înalt nivel de pregătire, cu activitate recunoscută în domeniile de specialitate.

În prezent, în cadrul Facultăţii funcţionează următoarele programe de master:

• Conservarea biodiversităţii
  
• Valorificarea principiilor active din plante indigene
  
• Analiza şi evaluarea impactelor de mediu
  
• Dezvoltare durabilă în zona costieră şi valorificarea ecoturistică a spaţiului litoral
  
• Agricultură ecologică
  
• Agricultură irigată în zonele vulnerabile la secetă
  
• Sisteme de agricultură şi monitoringul zonelor vulnerabile la secetă
  

De asemenea, absolvenţii au posibilitatea de a-şi continua pregătirea sub forma doctoratului, în facultate existând conducători de doctorat în domeniul Biologie, în felul acesta studenții putând urma în cadrul facultății ciclul complet de pregătire universitară și postuniversitară - 3 ani studii universitare, 2 ani studii de master și 3 ani studii doctorale - în conformitate cu prevederile Acordului de la Bolgna privind învățământul superior în Comunitatea Europeană.

Diplomele de licență obținute sunt recunoscute pe plan internațional datorită aplicării sistemului de credite transferabile. Același sistem permite mobilitatea studenților între centre universitare din țară ca și efectuarea de stagii de studiu la universități din alte state cu care facultatea întreține relații de colaborare - Universite de la Bretagne Occidentale de Brest (Franța), University of Milwaukee - Wisconsin (SUA).

Din anul universitar 1999/2000 se organizează şi cursuri în regim de frecvenţă redusă (IFR) pentru specializarea Agricultură, formă de învăţământ modernă adresată candidaţilor care nu pot urma cursurile la zi.