Facultatea de Stiinţe ale Naturii îşi reîncepe activitatea în 1990, odată cu deschiderea porţilor Universităţii “Ovidius”, instituţie de învăţământ superior înfiinţată prin strădania unui număr de intelectuali şi medici entuziaşti din municipiul Constanţa la care trebuie adăugat întregul corp didactic al Institutului de Subingineri Constanţa – care au găsit sprijin la primul ministru al României din acea perioadă – Petre Roman.

In anul 1990, cursurile incep pe data de 5 aprilie, cu doua specializari - Biologie si Medicina, organizate pana in toamna aceluiasi an ca facultati distincte. Prin Ordinul Ministrului Invatamantului nr. 7429 din 20 martie 1990 se infiinteaza facultatile de Biologie si respectiv Medicina. Ordinul Ministrului Invatamantului nr. 7429 din 20 martie 1990 este numita conducerea administrativa provizorie a Facultatii de Biologie: dr. Adrian Bavaru, Director al Liceului de Stiinte ale Naturii "Mihai Eminescu" din Constanta in functia de decan provizoriu; Dr. Juliu G. Muller, Cercetator Principal II in cadrul Institutului Roman de Cercetari Marine; Dr. Oltenia Mariana Skolka; Dr. Marian - Traian Gomoiu, Cercetator Principal in cadrul Institutului Roman de Cercetari Marine; Dr. Alexandru Bologa, Cercetator Principal in cadrul Institutului Roman de Cercetari Marine.

La specializarea Biologie, prima serie de studenţi urmeaza cursurile anilor I si II în perioada aprilie 1990 – iunie 1991, in regim condensat, fără a beneficia de vacanţă de vară. Cursurile acestei serii erau organizate pe durata a 5 ani, iar programa analitică era structurată în conformitate cu programele analitice de la specializările de acelaşi profil din Bucureşti, Iaşi şi Cluj. Cei circa 60 de studenţi au fost organizaţi pe două grupe – Didactică şi Biotehnologie.
In toamna anului 1990, facultatea este restructurata – sub denumirea de Facultatea de Stiinţe - avea în componenţă secţiile de tip universitar - Biologie, Educaţie Fizică şi Sport, Fizica-Chimie, Matematică - Fizică, şi economic - Relaţii Economice Internaţionale şi Turism-Servicii. Primul decan al facultăţii este ales dr. Adrian Bavaru. In vara aceluiaşi an, este înfiinţată secţia de Ecologie şi Protectia Mediului.

Ulterior, au loc mai multe restructurări: specializările de matematică şi stiinţe economice se desprind pentru a forma o ffacultati distincte, iar facultatea de Stiinţe devine facultatea de Stiinţele Naturii şi Agricultură. O nouă restructurare are loc în 1999, secţiile de Chimie, Fizică şi Fizică-Chimie formând o facultate separată. In cadrul facultãţii, se înfiinţează in anii care urmeaza şi alte specializări: Agricultură – în 1992, Chimie - din 1997, Fizica – din 1998, Geografie – în 1999, Horticultură – în 2000.

In prezent, facultatea include specializările de Biologie, Ecologie şi Protectia mediului, Geografie, Agriculturã şi Horticultură, 7 programe de master, iar în facultate îşi desfăşoară activitatea o şcoală doctorală în domeniul Biologie cu 6 conducători de doctorat. Facultatea este organizată pe trei catedre – de Biologie – Ecologie, Agricultură şi Geografie, iar corpul profesoral include 39 de cadre didactice – profesori universitari, conferentiari, lectori si asistenti universitari - cu pregătire de specialitate în toate domeniile facultăţii.