Din anul 1991 în cadrul Facultăţii de Stiinţe se începe activitatea de conducere de doctorate, la început în domeniul Taxonomie animală – prof. dr. Iuliu G. Müller, mai apoi în domeniul Ecologie şi Protecţia Mediului – dr. Marian-Traian Gomoiu şi dr. Stoica Godeanu.

Facultatea de Stiinţe ale Naturii este recunoscută de Ministerul Educaţiei şi Cercetării ca instituţie organizatoare de doctorat (IOD) – din 1999, în cadrul facultăţii desfăşurându-şi activitatea în perioada respectivă trei conducători de doctorate în domeniile Ecologie şi Protecţia Mediului – prof. univ. dr. Marian – Traian Gomoiu, prof. univ. dr. Stoica Preda Godeanu respectiv Biochimie – prof. univ. dr. Natalia Roşoiu.

Din anul 2005, in cadrul facultatii functioneaza cursurile unei scoli doctorale in domeniul Biologie, pregatind doctoranzi in Ecologie si protectia mediului si Biochimie
(http://www.univ-ovidius.ro/faculties/Nat_Science/scoala_doctorala.htm)