Facultatea de Stiinţe ale Naturii îşi reîncepe activitatea în 1990, odată cu deschiderea porţilor Universităţii “Ovidius”, instituţie de învăţământ superior înfiinţată prin strădania unui număr de intelectuali şi medici entuziaşti din municipiul Constanţa la care trebuie adăugat întregul corp didactic al Institutului de Subingineri Constanţa – care au găsit sprijin la primul ministru al României din acea perioadă – Petre Roman.

In anul 1990, cursurile incep pe data de 5 aprilie, cu doua specializari - Biologie si Medicina, organizate pana in toamna aceluiasi an ca facultati distincte. Prin Ordinul Ministrului Invatamantului nr. 7429 din 20 martie 1990 se infiinteaza facultatile de Biologie si respectiv Medicina. Ordinul Ministrului Invatamantului nr. 7429 din 20 martie 1990 este numita conducerea administrativa provizorie a Facultatii de Biologie: Dr. Adrian Bavaru, Director al Liceului de Stiinte ale Naturii "Mihai Eminescu" din Constanta in functia de decan provizoriu; Dr. Juliu G. Muller, Cercetator Principal II in cadrul Institutului Roman de Cercetari Marine; Dr. Oltenia Mariana Skolka; Dr. Marian - Traian Gomoiu, Cercetator Principal III in cadrul Institutului Roman de Cercetari Marine; Dr. Alexandru Bologa, Cercetator Principal II in cadrul Institutului Roman de Cercetari Marine.

La specializarea Biologie, prima serie de studenţi urmeaza cursurile anilor I si II în perioada aprilie 1990 – iunie 1991, in regim condensat, fără a beneficia de vacanţă de vară. Cursurile acestei serii erau organizate pe durata a 5 ani, iar programa analitică era structurată în conformitate cu programele analitice de la specializările de acelaşi profil din Bucureşti, Iaşi şi Cluj. Cei circa 60 de studenţi au fost organizaţi pe două grupe – Didactică şi Biotehnologie.

In toamna anului 1990, facultatea este restructurata – sub denumirea de Facultatea de Stiinţe - avea în componenţă secţiile de tip universitar - Biologie, Educaţie Fizică şi Sport, Fizica-Chimie, Matematică - Fizică, şi economic - Relaţii Economice Internaţionale şi Turism-Servicii. Primul decan al facultăţii este ales dr. Adrian Bavaru. In vara aceluiaşi an, este înfiinţată secţia de Ecologie şi Protectia Mediului.

Ulterior, au loc mai multe restructurări: specializările de matematică şi stiinţe economice se desprind pentru a forma o ffacultati distincte, iar facultatea de Stiinţe devine facultatea de Stiinţele Naturii şi Agricultură. O nouă restructurare are loc în 1999, secţiile de Chimie, Fizică şi Fizică-Chimie formând o facultate separată.
In cadrul facultãţii, se înfiinţează in anii care urmeaza şi alte specializări: Agricultură – în 1992, Chimie - din 1997, Fizica – din 1998, Geografie – în 1999, Horticultură – în 2000.

In prezent, facultatea include specializările de Biologie, Ecologie şi Protectia mediului, Geografie, Agriculturã şi Horticultură, programe de master, existand si posibilitatea continuarii studiilor sub forma doctoranturii.

In primăvara anului 1990 s-a organizat examen de admitere pentru specializarea Biologie, de data aceasta studenţii fiind organizaţi doar pe profilul didactic, iar în luna septembrie a anului 1990 s-a organizat examen de admitere şi pentru specializarea Ecologie şi Protecţia Mediului, specializare proaspăt înfiinţată la nivel naţional.

Baza materială a specializărilor a fost asigurată în spaţii din sediul de pe bd. Mamaia şi în spaţii puse la dispoziţie cu generozitate de conducerea de atunci a Institutului de Cercetări Marine. S-a recuperat prin stradania conducerii facultatii o mică parte din fosta dotare si baza materiala a facultăţii de Stiinţe naturale din cadrul fostului Institut de Invăţământ Superior, care la încheierea cursurilor ultimei promoţii în anul 1983 a fost în mare parte dispersată la şcoli şi licee din oraş sau judeţ. In perioada 1983 - 1989, o parte a materialului împăiat a fost depozitată la Delfinariu iar cea mai mare parte a colecţiilor de nevertebrate s-au risipit ori s-au distrus. Un important sprijin în desfăşurarea procesului instructiv s-a primit din partea specialiştilor de la Institutul Român de Cercetări Marine şi de la Complexul Muzeal de Stiinţe ale Naturii din Constanţa – Acvariu şi Delfinariu.

In toamna anului 1991 se dau în folosinţă laboratoarele din clădirea din Piaţa Chiliei – str. Ion Vodă nr. 40: Botanică Sistematică, Zoologia Nevertebratelor, Zoologia Vertebratelor, Fiziologie Vegetală, iar în clădirea de pe bd. Mamaia se organizează laboratoarele de Ecologie şi Cito-Histo-Embriologie, care vin să completeze laboratoarele existente de Morfologia Plantelor şi Fiziologie Animală. Ulterior, la subsolul universităţii se organizează un laborator de Microbiologie. In anul 1997, se organizează o serie de spaţii de învăţământ la sediul PRODSEM S.A., unde funcţionează laboratorul de Microbiologie şi Pedologie până în anul 2003.

După darea în folosinţă a primei clădiri a noului campus universitar, sunt amenajate un laborator de Hidrobiologie şi unul de Genetică – Citologie. De asemenea, este amenajat un laborator de cercetare de Fiziologie Animală, dotat cu aparatură corespunzătoare de prof. dr. D. Coprean, ca şi o biobază cu animale de laborator. In acest fel, se pun bazele în facultate a unui nucleu care abordează în special aspecte ale influenţei diferitelor extracte vegetale sau substanţe chimice de origine variată asupra organismului animal.

Activităţi de cercetare în domeniul biologiei şi ecologiei marine se desfăşoară în spaţii ale Centrului de Geologie şi Geoecologie Marină, puse la dispoziţie in urma unor conventii de colaborare de conducerea instituţiei. In aceste spaţii se organizează de asemenea experimente şi îşi defăşoară activitatea unii dintre doctoranzii facultăţii.

Specializarea Agricultură desfăşoară o serie de cursuri şi laboratoare în spaţii puse la dispoziţie de Direcţia Agricolă Constanţa, ca si de instituiile de cercetare in domeniile agricol, pomicol, viticol din Constanta, Valul lui Traian, Murfatlar, Palas.

Din vara anului 1991 începe colaborarea în domeniul practicii de teren de specialitate cu Universitatea Bucureşti, Universitatea “Al.I.Cuza” Iaşi şi nou înfiinţata Universitate “Lucian Blaga” din Sibiu; au loc astfel schimburi de studenţi, iar studenţii constănţeni de la specializările Biologie şi Ecologie efectuează practica de teren la Staţiunea Zoologică Sinaia, Staţiunea Potoci sau la Sibiu.

Din anul universitar 1998/1999, în urma semnării unei convenţii de colaborare cu Universitatea “Lucian Blaga” din Sibiu, timp de doi ani examenul de licenţă al studenţilor specializării Ecologie şi Protecţia Mediului din cadrul Facultăţii de Stiinţe a universităţii sibiene s-a organizat cu participarea cadrelor didactice de la Universitatea “Ovidius” Constanţa.

Din anul universitar 1999/2000, o convenţie similară a fost semnată cu Universitatea Banatului din Timişoara, universitate particulară organizată de Fundaţia universitară a Banatului din Timişoara, până în 2002 trei promoţii de studenţi la specializarea Protecţia Mediului ai universităţii timişorene susţinând licenţa în cadrul Universităţii “Ovidius” Constanţa.

In anul 1995/1996, la iniţiativa decanului de atunci al facultăţii – prof. dr.. Adrian Bavaru – se introduce la specializările Biologie şi Ecologie şi Protecţia Mediului sistemul de credite transferabile, introdus în învăţământul universitar românesc pentru alinierea la standardele europene. Totodată, programele analitice ale celor două specializări sunt “standardizate” la Universităţile din Bucureşti, Iaşi, Cluj, Sibiu, permiţându-se astfel transferul studenţilor şi al creditelor câştigate între facultăţile respective.

In anul 2000, trecându-se la implementarea noului concept de calitate a învăţământului superior, d-na lect. dr. Teodora Onciu este aleasă prin concurs prodecan cu asigurarea calităţii învăţământului în Facultatea de Stiinţe ale Naturii. Facultatea de Stiinţe ale Naturii participă la un program de implementare a asigurării calităţii alături de alte facultăţi din ţară, primind în acest sens acreditarea din partea comisiei interuniversitare formate din reprezentanţi ai universităţilor care au participat la program şi a partenerului olandez.

In anul universitar 2001/2002 îşi începe activitatea şi specializarea Horticultură, ca urmare a iniţiativei unui grup de cadre didactice de la specializarea Agricultură – prof. dr. ing. M. Enciu - şi a unor specialişti în domeniu din judeţ – Elena Bavaru, I. Cernătescu etc. Concursul de admitere pentru specializarea Horticultură are loc însă în toamnă, pe 25 de locuri cu taxă.

In primăvara anului 2001, laboratorul de cercetare de Fiziologie Animală este organizat în noul sediu de lângă biobază.

In luna iunie a acestui an se înfiinţează în facultate Centrul de Documentare pentru Studiul Biodiversităţii (C.D.S.B.) în cadrul unui contract cu Agenţia Olandeză de Mediu – D.C.M.R. şi firma I.W.A.C.O. Consultants for Water Management pe de alta, centru coordonat de conf. dr. M. Skolka. Primele activităţi ale centrului au vizat realizarea unui program de conştientizare a publicului privind importanţa unor arii protejate din jud. Constanţa – acţiuni desfăşurate în strânsă colaborare cu Agenţia de Protecţie a Mediului Constanţa, Regia Autonomă Romsilva şi Primăria Comunei Târguşor; sunt înfiinţate trei centre de informare şi documentare dotate cu aparatură. In luna august se organizează un curs de training pe probleme de protecţie a mediului la care participă cursanţi de la instituţii de stat, private, şcoli, licee, ONG-uri, reprezentanţi ai presei, editându-se şi un suport de curs.

Aspecte de la cursul de training organizat de Centrul de Documentare pentru Studiul Biodiversitatii

... si de la inaugurarea centrului de informare din Rezervatia Hagieni

In facultate, în anul 2003, este înfiinţat un Centrul Internatiopnal de Management al Zonelor Umede si Ariilor Protejate al al Asociaţiei Balcanice de Mediu – B.EN.A. – coordonat de şef lucr. dr. Lucica Tofan, centru care desfăşoară activităţi de training în domeniul profesiunilor de mediu. In primăvara acestui an se desfăşoară activităţi de training cu o primă serie de cursanţi, editându-se totodată şi un suport de curs, care iniţiază o direcţie de pregătire postuniversitară continuată şi în anii următori.

Aspecte de la deschiderea cursurilor de training in domeniul profesiunilor de mediu
(mai - iunie 2003)

In urma vizitei de acreditare, forma ID/IFR a specializării Agricultură primeşte acreditarea Ministerului Educaţiei.

Concursul de admitere din anul 2003 aduce pentru prima dată o afluenţă foarte mare de candidaţi la specializarea Ecologie, unde numărul de locuri cu taxă depăşeşte cu mult pe cel al locurilor fără taxă.

Se amenajează noi spaţii de învăţământ – 2 laboratoare – Genetică şi Microbiologie, cu dotările aferente, un amfiteatru cu 60 de locuri (care reprezintă o nouă achiziţie după amenajarea în 2001 a două săli de curs şi a unui laborator GIS pentru specializarea Geografie într-un local aparţinând iniţial Scolii nr. 7 Constanţa); se amenajează o serie de spaţii la Direcţia Agricolă ca spaţii de învăţământ pentru specializarea Agricultură; se renunţă la spaţiile de la sediul PRODSEM S.A. unde funcţiona laboratorul de Microbiologie. De asemenea, este dotat cu aparatură de calcul laboratorul de Ecologie.