Tot din anul universitar 1995/1996 încep cursurile postuniversitare de un an în domeniul „Biotehnie şi Ecotehnie Marină şi Costieră”, cursuri transformate din anul universitar 2000/2001 în cursuri de master cu durata de trei semestre. Aceste cursuri, organizate la început doar pentru absolvenţi ai specializărilor Biologie, Ecologie şi Protecţia Mediului sau înrudite, sunt organizate în prezent pe tipul interdisciplinar, cu admitere pe bază de interviu. Organizarea lor a căzut la început în sarcina prof. dr. Iuliu G. Müller, iar mai apoi a prof. dr. Marian – Traian Gomoiu, membru corespondent al Academiei Române.

Cursanţilor le sunt predate cursuri susţinute de specialişti în domeniul cercetării marine, legislaţiei de mediu, managementului zonelor costiere, explorării resurselor marine, din cadrul Institutului Naţional de Cercetare-Dezvoltare Marină “Grigore Antipa”, Institutului Naţional de Geologie şi Geoecologie Marină, Universităţii de Marină Civilă, facultăţii de Istorie şi Drept din cadrul Universităţii “Ovidius”, Academiei de Studii Economice Bucureşti, Universităţii Bucureşti.

Masterat Biotehnie si ecotehnie marina si costiera - promotia 2003 - cu o coordonatorul masteratului - prof. dr. Marian - Traian Gomoiu

Specialişti care au predat în cursul timpului la masterat: CP I dr. Nicolae Bodeanu, CP I dr. Alexandru Bologa, CP II dr. ing. Cornelia Maxim, CP II dr. ing. Tania Zaharia (de la Institutul Naţional de Cercetare – Dezvoltare Marină “Grigore Antipa” – fost Institut Român de Cercetări Marine); conf. univ. dr. Dan Manoleli – Univ. Bucureşti, departamentul de Ecologie Sistemică; prof. univ. dr. Dumitru Dinu, rectorul Institutului de Marină Civilă; dr. Marin Voicu, jurist.

Din anul 2000/2001, studiile aprofundate în domeniul Biotehnie şi Ecotehnie Marină şi Costieră sunt transformate în studii de tip Master, desfăşurate pe durata a trei semestre.

Studiile de master se completează în anul 2004 cu două specializări noi – „Conservarea biodiversităţii şi ocrotirea naturii” şi „Agricultură în zone vulnerabile la secetă”, masterate care răspund solicitărilor absolvenţilor specializărilor Biologie, Ecologie şi Agricultură.

In anul 2005 sunt lansate noi programe de pregatire prin master in domeniul ecologiei (http://www.univ-ovidius.ro/faculties/Nat_Science/masterate.htm)