In anul 1990, pentru o scurta perioada de timp - pana in toamna aceluiasi an - functioneaza provizoriu Facultatea de Biologie, cu o singura catedra, unde erau cuprinse cadre didactice titulare sau asociate.

In anii universitari 1990-1991, 1991-1992 şi 1992-1993, cadrele didactice au fost cuprinse într-o singură catedră, de Biologie – Ecologie, care funcţiona alături de catedrele de Educaţie Fizică, Matematică, Stiinţe economice etc, în structura Facultăţii de Stiinţe; ca şef de catedră fiind aleasă conf. dr. Oltenia Skolka.

Funcţia de secretar ştiinţific a fost deţinută până în 1992 de prof. dr. Nicolae Costea (matematică). După desprinderea specializărilor de matematică şi ştiinţe economice a fost ales în funcţia de secretar ştiinţific prof. dr. Iuliu G. Müller, care deţine această funcţie până în anul 1995.

In anul universitar 1993-1994, are loc o reorganizare a structurii corpului profesoral, înfiinţându-se două catedre – de Biologie Vegetală şi Agricultură (cu prof. univ. dr. Gh. Sălăgeanu ca şef de catedră) pe de-o parte şi Biologie Animală şi Ecologie (cu conf. univ. dr. Oltenia Skolka în calitate de şef de catedră) pe de altă parte.

Din anul universitar 1994-1995 este înfiinţată o catedră separată de Agricultură. Sef al catedrei de Agricultură este ales prof. univ. dr. Mihail Enciu, care păstrează funcţia până în anul 2002.

In 1996, prof. dr. Adrian Bavaru este ales rector al Universităţii “Ovidius” Constanţa; decan al Facultăţii de Stiinţe ale Naturii este ales prof. dr. Iuliu G. Müller, secretar ştiinţific conf. dr. Victoria Tigănuş, iar ca şefi de catedră – conf. dr. Oltenia Skolka, conf. dr. Dumitru Moldoveanu, prof. univ. Victor Albu şi prof. dr. ing. Mihail Enciu.

In 1997, în urma unui atac de cord încetează din viaţă prof. dr. Iuliu G. Müller, după o zi normală de lucru în care îşi ţinuse în mod magistral cursurile. Este aleasă în funcţia de decan interimar d-na conf. dr. Victoria Tigănuş. In funcţia de secretar ştiinţific este ales şef lucr. dr. Marius Skolka.

In anul 1999, prof. dr. Dragomir Coprean este ales şef al catedrei de Biologie Animală şi Ecologie iar conf. George Stănculescu şef al catedrei de Educaţie Fizică şi Sport, d-na conf. dr. Oltenia Skolka şi dl. prof. univ. Victor Albu ieşind la pensie.

In anul 2002 are loc o nouă reorganizare a Facultăţii de Stiinţe ale Naturii. Astfel, secţia de Educaţie Fizică se desprinde formând o facultate distinctă începând cu anul universitar 2002/2003 - cu două catedre, decan fiind ales conf. univ.G. Stănculescu.

In toamna anului 2003 are loc o restructurare a facultăţii, restructurare care vizează acoperirea fiecărei specializări a facultăţii cu câte o catedră. Astfel, noua structură organizatorică a facultăţii include catedrele de Biologie, Ecologie, Geografie şi Agricultură. Funcţiile de şefi de catedră sunt ocupate de prof. dr. Stela Zamfirescu (Biologie), prof. dr. I.F. Mihăilescu (Geografie), şef lucr. dr. Teodora Onciu (Ecologie), conf. dr. Neculai Andreiaşi (Agricultură), decan al facultăţii fiind ales prof. univ. dr. Dragomir Coprean.

Toamna anului 2005 marcheaza o noua restructurare a facultatii, care se organizeaza pe trei catedre - Biologie - Ecologie, Geografie si Agricultura.

Facultatea de Stiinte ale Naturii - Denumirea facultatii din 1990:

1990 - 1992 - Facultatea de Stiinte

1993 - 1995 - Facultatea de Stiinte ale Naturii şi Agricultura

1996 - 1997 - Facultatea de Stiintele Naturii

1998 - 2003 - Facultatea de Stiinte ale Naturii

2003 – prezent Facultatea de Stiinţe ale Naturii şi Stiinţe Agricole